Ministarstvo je podijeljeno na slijedeće organizacione jedinice:

Sektor za statusna pitanja branilaca i članova njihovih porodica
Rukovodilac sektora: Enes Heco, pomoćnik ministra

Sektor za statusna pitanja branilaca i članova njihovih porodica organizovan je u tri unutrašnje organizacione jedinice:

Odsjek za prava branilaca i članova njihovih porodica
Šef odsjeka: Ilija Zovko

U okviru Odsjeka obavljaju se upravni, analitički i drugi stručni poslovi koji se odnose na:

• Praćenje i proučavanje stanja i pojava iz oblasti statusnih pitanja branilaca i članova njihovih porodica na osnovu prikupljanja podataka ili podataka koje dostvljaju drugi organi i obrađivanje tih podataka sa prijedlogom mjera za rješavanje određenih problema,
• Provođenje zakonskih i podzakonskih akata kojim se regulišu dopunska prava branilaca i članova njihovih porodica koja se realizuju na nivou Kantona,
• Nadzor nad primjenom važećih zakonskih i drugih propisa iz oblasti branilačko-invalidske zaštite na nivou Kantona,
• Davanje stručnih mišljenja i uputa u pogledu statusnih pitanja branilaca i članova njihovih porodica,
• Ostvarivanje saradnje i nadzor nad radom kantonalnih i općinskih udruženja branilaca i članova njihovih porodica,
• Ostvarivanje saradnje i nadzor nad radom općinskih službi nadležnih za poslove branilačko-invalidske zaštite u izvršavanju poslova iz oblasti ostvarivanja prava branilaca i članova njihovih porodica .

Odsjek za upravne i normativno-pravne poslove
Šef odsjeka: Almasa Serdarević

U okviru Odsjeka obavljaju se upravni, normativno-pravni,analitički i drugi stručni poslovi koji se odnose na:

• Vođenje upravnog postupka i rješavanje imovinsko-pravnih i drugih odnosa u upravnom postupku, kao i rad na realizaciji tih ugovora i akata,
• Izrada prednacrta i prijedloga zakona, drugih propisa i općih akata, kao i pripremanje izmjena i dopuna tih propisa iz oblasti branilačko-invalidske zaštite,
• Izrada analitičkih, informativnih i drugih materijala kojima se informišu nadležni organi o realizaciji programa i projekata, stanju i problemima u oblasti branilačko-invalidske zaštite te predlaganje mjera radi poboljšanja stanja u istoj oblasti,
• Postupanje po predstavkama i usmenim obraćanjima branilaca i članova njihovih porodica za pružanjem pomoći u vezi ostvarivanja njihovih prava po različitim osnovama.

Odsjek za ekonomske i informatičke poslove
Šef odsjeka: Anita Turski

U okviru Odsjeka obavljaju se informacioni, računovodstveni i drugi stručni poslovi koji se odnose na:

• Praćenje izvršenja Budžeta, izradu akata za izvršenje Budžeta i financijskih planova,
• Obradu računa i naloga za plaćanje,
• Informacioni poslovi u posredovanju između Federalnog ministarstva i općinskih službi,
• Softversko prikupljanje i objedinjavanje podataka iz evidencionih kartona korisnika,
• Izrada projekata i programa informacionog sistema i automatske obrade podataka,
• Izrada baze podataka za potrebe Ministarstva.