Ministarstvo zdravstva vrši upravne i druge stručne poslove koji se odnose na ostvarivanje nadležnosti Kantona u oblasti zdravstva i zdravstvenog osiguranja u koje spadaju:

• praćenje funkcionisanja i razvoja sistema zdravstvene zaštite i zdravstvenog osiguranja,
• donošenje plana i programa mjera zdravstvene zaštite radi: osiguravanja higijensko-epidemiološke djelatnosti, razvoja zdravstveno-statističkog i informacionog sistema, osiguravanja hitne medicinske pomoći i djelatnosti socijalne medicine na području Kantona, osiguravanja sredstava za izgradnju i opremanje, te utemeljenje zdravstvenih ustanova za provedbu primarne, specijalističko-konsultativne, bolničke djelatnosti, te djelatnosti mrtvozorstva, osiguravanja provođenja mjera za rano otkrivanje i otklanjanje uzroka oboljenja, te suzbijanje bolesti i povreda, kao i njihovih posljedica, liječenja i rehabilitacije oboljelih, tjelesno i duhovno oštećenih i povrijeđenih osoba, kao i mjere posebnog zdravstvenog nadzora nad stanovništvom starijim od 65 godina, osiguravanja mjera za sprovođenje cjelovite zdravstvene zaštite djece i omladine, te zdravstvene zaštite žena u vezi sa planiranjem porodica, trudnoćom, porođajem i majčinstvom, osiguranja dostupnosti djelotvornim, sigurnim, kvalitetnim i ekonomičnim lijekovima i sprečavanje njihove zloupotrebe,
• izrada nacrta i prijedloga zakona i propisa iz oblasti zdravstva i zdravstvenog osiguranja, te praćenje njihovog pravovremenog izvršavanja,
• utvrđivanje mreže zdravstvene djelatnosti (primarna, specijalističko-konsultativna zdravstvena zaštita i mreža farmaceutske djelatnosti),
• koordiniranje i praćenje stručno-medicinskog nadzora nad radom zdravstvenih ustanova, odnosno zdravstvenih radnika,
• obavljanje i drugih poslova s ciljem provođenja politike i strategije razvoja zdravstva, kako na području Kantona, tako i zdravstva u cjelini.